組織の状態を良くしていくための方法論・手法はいくつかありますが、重要なことは、個々の社員が集中して業務に邁進できる環境をつくることです。一般的に言って、きちんと世の中に存続できている企業の場合、その社員の多くは自分自身の業務を全うしようという気持ちをしっかりと持っています。
自社の組織の状態が良くないことへの対策でよく見られる失敗は、表面的な事柄への対応に追われる形で色々な施策を打ってしまうことです。例えば、経営層と一般社員がオフサイトミーティングを行う、メンタルヘルスやレジリエンスの研修を行う等です。それらの施策自体は良いものではありますが、一般の社員からすると、「業務が忙しいのに、またなんでそんなことをやるんだ」と否定的な感情が強化されてしまいます。昨今は「働き方改革」により勤務時間に制約があるという点が重要です。「状態が良くないからあれもこれも」と思いつきレベルで施策を実施すると、本来業務に向ける時間が相当に削減されてしまいます。
しかしながら、悪い精神状態に陥っている経営層・管理職は「時間は無限にある」となんとなく思い込んでいらっしゃるようで、あれもこれも、と本来業務でも無分別に部下に指示を出し、会社を変えるんだと言っては部下にまた負担を強いているわけです。
言ってみれば、身体を丈夫にしたいからと言って、ただガムシャラに走ったり筋トレしたりしているとあまり変わりません。それで組織の状態が良くなるほうが不思議です。身体を丈夫にするには、身体を丈夫にするための考え方と方法があるわけで、その実践が必須です。
そこで、ご質問の件について、どうすればよいかですが、すべきこと（施策）に絞って、順序立てて、一定の時間軸を設定した中での変化をプランニングすることを、まずはお勧めします。恐らく「不満」がこの件におけるキーワードで、「何から手を付けたらよいか困っている」とのことですので、①個々の従業員が不満に思うことを吐き出せる場の提供（部署ミーティングや上司部下の1対1の面談で可）、②個々の従業員が主体的に問題に対処できる考え方・スキルの提供、③問題解決のための上司の支援という3点を行うと良いです。これらの施策は、組織の状態の好転のみならず、本来業務にも有益な効果をもたらします。
プロのコンサルタントが人事制度設計を行う際には、「基本設計」、「等級制度」、「評価制度」、「報酬制度」と、人事制度をサブモジュール化、つまり分けて考えます。これらの他にも「退職金制度」、「諸手当」等、検討すべき事項はありますが、要は人事制度を大ぐくりに分解して検討を進めます。
ご質問の内容からすると、その場しのぎ的に個々の規程の改廃を重ねてしまったものと思われます。例えば、住宅手当や子ども手当の額を世間水準にしないといけないから変えよう、成果主義が流行しているようなので自社でも取り入れよう、等です。また、中途採用主体で人員が増えてきた会社ですと、採用上の事情により報酬の水準がバラバラなことが多いです。
全体として整合性のある人事制度、諸規程類の整備状況になっているか否かについては、上記の「基本設計」、「等級制度」、「評価制度」、「報酬制度」に、それぞれの関連規程の内容を分類して、まずは「基本設計」の現行人事制度の精査を行うと良いでしょう。「基本設計」とは、人事制度のベースにある考え方や、各制度（等級/評価/報酬）をどのようなものかを位置付けるものです。ただ、明らかに整合性に問題がある場合は、多忙な業務を抱えている人事部メンバーのみで行うよりも、人事制度設計のプロにご相談されるほうが結果的に時間とコストの節約になることが多いでしょう。
残念ながら、昨今、この種のご相談が大変増えています。その背景としては、「プレイングマネジャー（実務を遂行しながら組織・人のマネジメントを任される管理職）の増加」や、「慢性的な人手不足感」があるようです。また、見逃せない点としては、管理職のみならず、コミュニケーションスキルが低下している可能性があります。
コミュニケーションとは本来「（考えや思い、または場の）共有」という意味ですが、考えや思いが伝わる形で伝えきれないケースが、管理職であるか否かを問わず、増えていると考えられます。
コミュニケーションについては、相手への向き合い方も重要ですが、恐らくそれと同じくらいに重要なのがコミュニケーションスキルです。この点では、「アサーション」や「ダイアログ」等、既に有用なコミュニケーションスキルが世の中には存在しています。しかしながら、弊社がこれまで関わってきた案件では、それらのスキル自体が知られていない、訓練（スキルですので一定の練習は必須です）がされていない、ということがほとんどです。
「管理職のパワハラめいた言動」については、コンプライアンス上、パワハラとして明らかにアウトなケースもありますが、そうとは言えない、つまり、上記のように、管理職（そして反対の部下側）双方のコミュニケーションスキルに改善の余地があるケースも少なからずあります。
パワハラということで言えば、コンプライアンスは今や多くの企業で重視されているようですが、人事関連規程に基づくパワハラ問題の処分については問題先送りで、然るべき処断をしていないこともあるようです。重大なパワハラ事案については、是々非々で法規や社内ルール（規程）に基づいた対処を速やかにされることが重要でしょう。
まず、リーダーシップについて言及します。リーダーシップについては諸説ある中で、弊社が採用しているのは、オーセンティック・リーダーシップです。オーセンティック・リーダーシップは意訳して「自分らしいリーダーシップ」とも言われますが、正確には、「高いインテグリティー（統合性）を備え永続する組織を築くことに献身する」、「確固たる目的意識を備え、自らのコアの価値観に忠実な」、「すべてのステークホルダーのニーズに応える企業を築き上げる気概を備え、かつ社会に奉仕することの重要性を理解している」中で発揮されるリーダーシップという考え方」です。
弊社はコアインテグリティーという社名ですが、オーセンティック・リーダーシップの説明に、「コア」、「インテグリティー」の語がいずれも含まれている点が、大変に興味深いです。弊社の社名は、弊社代表がオーセンティック・リーダーシップという概念を知る前の、2014年秋に名付けています。なお、オーセンティック・リーダーシップの概念自体は2004年に提唱されたと言われています。
弊社では、オーセンティック・リーダーシップの見地に立ち、その具体的な方法論として、米Gallup社のクリフトン・ストレングス（日本ではストレングスファインダーと旧来から呼ばれています）を活用し、「強みを活かし、弱点を管理する」アプローチで業務遂行力の向上と、対人影響力強化が実現できる研修プログラムを有しています。この研修プログラムは大変に好評であり、何よりも研修受講者が「内容が面白い」、「研修はつまらないものと思っていたが仕事にも活用できるイメージがついてとても良かった」等のコメントが続出しています。
なお、余談ながら、弊社代表のTOP5（34の才能のうちの上位5つ）は、「最上志向」、「個別化」、「戦略性」、「達成欲」、「着想」です。その分析レポートをご覧になったお客様はほぼ例外なく「書いていることそのまま当たっていますね」とおっしゃいます。
弊社代表は、研修講師として研修会場に出向いた際に、研修後にこの種の相談を大変多く受けています。当然ながら、具体的な内容が無いことには有効なコメントはできませんが、一般的なポイントはお伝えできますので、以下に「人材育成体系の見直しをする際のレビューポイント」を3点記載します。
（人材育成体系の見直しをする際のレビューポイント）
１ 「業務上の専門性」、「ビジネスパーソンとしての能力（物事を概念的に捉えて情報処理できる力、対人対応力、自己コントロール力）」、「会社や業務、人に対する態度」という、3つの切り口で、育成すべき内容をきれいに分類できるか（大きく抜け、漏れがある個所は無いか）
２ ある研修テーマにおけるレベル定義について、「知っている」、「行動している」、「一定の結果が出せている」、「高いレベルで安定的に結果が出せている」、「他者との協働や指導でそのテーマでの知見を活かせる」等、観察可能な形でレベル定義が出来ているか、また、レベル定義に粗がないか
３ 人材育成体系以前の問題として、理想的とされる人材のモデルが現実的か。「こんな人はいないよ」というスーパーマンを夢想するのは自由だが、人材育成体系（ツール）としては役に立たない。また、理想的な、つまり現実のビジネスで活躍する人材のタイプは一つのタイプではないが、ややもすると一つのタイプに理想像を押し込めているケースがある
